O Colégio de São Caetano, em actividade desde 1804 até aos dias de hoje, é uma instituição que nasceu da vontade de um homem. De facto, por disposição testamentária, Caetano Correia Seixas, Colegial do Real Colégio de São Paulo e Lente de Cânones na Universidade de Coimbra, legou à Misericórdia de Coimbra mais de 125 mil reis, “recomendando que se comprasse uma casa para um colégio, a fim de nele se criarem até 25 órfãos, com a invocação de São Caetano”. Nele seriam acolhidos órfãos pobres, expostos e desamparados que não excedessem os sete anos de idade. A ‘casa’, mais precisamente casas, pertenciam ao Dr. José Pinto da Silva, Lente de Prima de Medicina, situadas na Rua dos Coutinhos, nas quais se estabeleceu o Colégio de São Caetano. A abertura da instituição, que se designava Colégio dos Órfão de Coimbra, decorreu a 15 de Janeiro de 1804.

O Colégio de S. Caetano destina-se a acolher crianças e jovens em situação de perigo, garantindo os cuidados adequados às suas necessidades e proporcionando condições que promovam os direitos das crianças consagrados na Convenção dos Direitos da Criança, nomeadamente o direito à educação, condições de saúde e bem-estar, com vista a um desenvolvimento integral harmonioso e a uma adequada inserção social. O Colégio tem como objetivo garantir a proteção e assistência necessárias, tendo sempre em conta o interesse superior da criança/jovem.

Tem capacidade para 40 utentes, com idades compreendidas entre os 6 e os 18 (excecionalmente até aos 25). Funciona em regime aberto, o que possibilita a livre entrada e saída das crianças e jovens tendo apenas como limites os resultantes das suas necessidades educativas e da proteção dos seus direitos e interesses.

A Instituição dispõe de um quadro técnico composto por um Diretor (Provedor), uma Diretora Técnica, uma Técnica Superior de Serviço Social, uma Psicóloga e um Educador Social. No dia-a-dia os utentes são acompanhados 24 sobre 24 horas por uma equipa de 7 Monitores. As crianças e jovens do Colégio frequentam várias escolas do concelho, desde o 1.º ciclo até ao Secundário. Alguns encontram-se também integrados em cursos profissionais. Na instituição têm uma sala de apoio escolar que funciona diariamente. 

Todas as atividades desenvolvidas no Colégio S. Caetano são organizadas em cinco áreas:

• ACTIVIDADES LIVRES, que se desenvolvem informalmente a partir de determinada organização do espaço- materiais e que não são diretamente dirigidas por um adulto;
• ACTIVIDADES ORIENTADAS, que se desenvolvem geralmente em grupo, orientadas por um adulto e/ou por uma das crianças/jovens, com um objetivo específico;
• ACTIVIDADES NÃO-ESCOLARES, que fazem parte da rotina do Colégio e cujo potencial educativo pode ser igualmente trabalhado pelos monitores;
• ACTIVIDADES ESCOLARES, que fazem parte da rotina do Colégio e incluem o apoio escolar e outras atividades de carácter pedagógico;
• ACTIVIDADES COMPLEMENTARES, que não estão incluídas na rotina normal da valência, sendo de cariz facultativo.

Através de parcerias estabelecidas com diversas instituições e clubes desportivos, as crianças e jovens acolhidos têm a oportunidade de praticar diversos desportos (rugby, futsal, judo, andebol, basquetebol, ténis de mesa, badminton, etc).
De acordo com os princípios da Santa Casa da Misericórdia, as crianças e jovens participam na sagrada Eucaristia que se realiza, todos os sábados, na Igreja da Misericórdia. Contam ainda com sessões semanais de reflexão Moral e Cívica com o apoio do Capelão da Santa Casa da Misericórdia de Coimbra.